流經從化、花都、白云等區域的流溪河，兩側有不少工廠和居民樓，針對這一情況，《條例》規定，環保部門應當公布流域內向水體排放污染物的重點排污單位名錄，督促重點排污單位安裝自動監控裝置，對水污染物排放總量、濃度進行實時監控。

　　根據要求，列入上述名錄的重點排污單位，應當按照規定安裝自動監測設備，對水污染物排放總量、濃度進行實時監控，如實記錄水污染物排放情況。

　　《條例》還規定，流域管理機構應當對流域重點水功能區、行政區域交接斷面的水質狀況進行監督檢查，發現重點污染物排放總量超標，或者水功能區水質未達標的，應向環保部門和相關區(市)政府通報。如發現行政區域交接斷面的水質未達標的，應當在規定期限內提出解決方案，并采取暫停辦理可能污染水體的生產建設項目的審批等消除或者控制污染，達到水質控制目標的措施。

　　另外，農業部門也要采取措施，減少流域化肥和農藥使用量;有關區(市)則要劃定轄區流域內禁養、限養禽畜養殖區域。畜禽養殖場應當對畜禽糞便、廢水等污染物進行無害化處理，實現達標排放。

　　維護河道安全是水域保護另一項重要內容。《條例》規定，在流域河道和堤防管理范圍內，不得修建大型游樂園等旅游設施，傾倒余泥、余渣、泥漿等建筑廢棄物;同時還不得修建危害防洪、供水、水資源保護、水力發電、灌溉等建筑物、構筑物;種植高桿農作物和樹木(堤防防護林除外)。

　　在堤頂方面，流域管理機構應當會同交警部門在流溪河干流堤頂路面設置限行標志和防汛搶險專用通道，除防汛搶險機動車輛、堤防工程管理車輛以外，其他機動車輛按照限行規定行駛。而綠道的建設和管理也應當服從防汛搶險和河道堤防管理的要求，不得損壞堤圍，影響河道行洪，建設或管理單位應當在公共綠道設置安全防護設施和警示標志。

　　在防洪和生態公益林保護方面，《條例》規定，流域的干、支流兩岸，源頭區和水庫的保護范圍內的林地，應當劃為生態公益林。該范圍內的生態公益林是流溪河流域的水源涵養林，除進行撫育和更新性質的采伐外，不得采伐。