ABI 3730XL測(cè)序儀

　　Illumina hiseq-2000測(cè)序儀

　　PacBio RSI 測(cè)序儀

　　儀器價(jià)格：一代更比一代高

　　在采訪中了解到，用戶A所使用的ABI 3730XL測(cè)序儀購(gòu)于2010年，當(dāng)時(shí)購(gòu)買的價(jià)格是100萬元人民幣左右，這是一款第一代測(cè)序儀，其基于毛細(xì)管電泳和熒光標(biāo)記技術(shù)進(jìn)行測(cè)序。

　　用戶B使用的第二代測(cè)序儀Illumina hiseq-2000于2011年購(gòu)買，價(jià)格約為75萬美元，其采用可逆終止法的邊合成邊測(cè)序技術(shù)。

　　用戶C使用的PacBio RS I測(cè)序儀是一款第三代測(cè)序儀，其利用DNA單分子的直接測(cè)序的原理進(jìn)行測(cè)序。該儀器于2012年購(gòu)進(jìn)，當(dāng)時(shí)購(gòu)買價(jià)格約為100萬美元。

　　用戶開機(jī)率：普遍較高

　　A用戶來自測(cè)序公司，每天都收到來自其他單位的測(cè)序樣本，因此使用頻率非常高，幾乎每天都開機(jī)，

　　B用戶來自科研機(jī)構(gòu)，該儀器作為平臺(tái)儀器，為單位所在的整個(gè)科研系統(tǒng)服務(wù)，兩年中都是滿負(fù)荷使用。

　　C用戶來自高校，儀器主要為高校內(nèi)部系統(tǒng)提供服務(wù)，1年中使用頻率較高。

　　測(cè)序速率，讀長(zhǎng)，通量都可以滿足需求

　　相比之下，ABI 3730XL測(cè)序儀的測(cè)序速度在第一代基因測(cè)序儀中是最高的。但是，由于其依賴于電泳分離技術(shù)，所以速率方面難以進(jìn)一步升級(jí)，96樣本的測(cè)序運(yùn)行時(shí)間約為1小時(shí)40分鐘。每天的數(shù)據(jù)通量可以達(dá)到600000bp，主要適合于基因測(cè)序和基因分型研究。

　　Illumina hiseq-2000測(cè)序儀作為第二代測(cè)序儀，測(cè)序速率大大提升，每天最高可以產(chǎn)生75Gb的數(shù)據(jù)。可以實(shí)現(xiàn)De Novo從頭測(cè)序，DNA重測(cè)序等各種測(cè)序目標(biāo)。

　　PacBio RSI的測(cè)序速度可以達(dá)到每分鐘60個(gè)堿基，從樣品制備到獲得堿基序列的全部流程可在1天內(nèi)完成。每天可獲得的數(shù)據(jù)是200Mb mappable data。能夠完成各種測(cè)序目標(biāo)。

　　讀長(zhǎng)方面，ABI 3730XL的準(zhǔn)確讀長(zhǎng)可以達(dá)到800bp。Illumina hiseq-2000測(cè)序儀讀長(zhǎng)可以達(dá)到2×100bp。PacBio RSI目前可以獲得1300bp的平均讀長(zhǎng)。

　　前處理環(huán)節(jié)：第三代測(cè)序儀優(yōu)勢(shì)明顯

　　用戶表示，ABI 3730XL和Illumina hiseq-2000雖然與同類儀器相比建庫(kù)準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)相對(duì)方便，但仍需花費(fèi)較長(zhǎng)時(shí)間和大量人力。但作為第三代測(cè)序平臺(tái)的PacBio RSI測(cè)序儀，利用DNA單分子的直接測(cè)序的原理，無需進(jìn)行文庫(kù)制備，可直接從DNA片段獲得測(cè)序數(shù)據(jù)，從樣本制備到獲得測(cè)序結(jié)果，所需的時(shí)間還不到一天。并且與傳統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)方法相比，所需的DNA量也相當(dāng)少，用量可低至不到500ng。

　　收費(fèi)售后服務(wù)：用戶滿意度高

　　Illumina、Life technologies的售后服務(wù)獲得了用戶的一致認(rèn)可，用戶認(rèn)為，其服務(wù)“響應(yīng)速度快，專業(yè)性高，解決問題十分徹底”。

　　基因測(cè)序儀的產(chǎn)品生產(chǎn)商相對(duì)較少，過了免費(fèi)的質(zhì)保服務(wù)期之后，用戶需要承擔(dān)高額的售后服務(wù)費(fèi)用，但幾名用戶對(duì)此并未產(chǎn)生不滿，ABI 3730XL的用戶表示，“我們認(rèn)為一年10萬元的售后費(fèi)用物有所值。”

　　改進(jìn)意見：配套試劑耗材應(yīng)降價(jià)

　　盡管ABI 3730XL在速度和成本方面都已達(dá)到了極限，但與二三代測(cè)序儀相比，其通量較低，成本較高，并且由于其對(duì)電泳分離技術(shù)的依賴，速度成本難以進(jìn)一步提升。盡管如此，ABI 3730XL用戶認(rèn)為，ABI 3730XL方法可靠，并且已形成規(guī)模化，將繼續(xù)發(fā)揮重要作用。

　　使用Illumina hiseq-2000的用戶認(rèn)為，該儀器的配套試劑價(jià)格過高，另外讀長(zhǎng)還有待增加，并且希望建庫(kù)準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。

　　PacBio，RSI的用戶表示，這臺(tái)儀器的不足之處主要在于試劑耗材價(jià)格過高，通量還有待提高。另外，PacBio RSI系統(tǒng)可購(gòu)買升級(jí)包，將原有系統(tǒng)轉(zhuǎn)化成最新的PacBio RSII，但是，升級(jí)耗資巨大也是令用戶頭痛的問題。

　　附：基因測(cè)序儀簡(jiǎn)介

　　DNA測(cè)序技術(shù)是現(xiàn)代生物學(xué)研究中重要的研究手段之一。成熟的DNA測(cè)序技術(shù)始于20世紀(jì)70年代中期。1977年，Maxam和Gilbert報(bào)道了通過化學(xué)降解測(cè)定DNA序列的方法。同一時(shí)期，Sanger發(fā)明了雙脫氧鏈終止法。20世紀(jì)90年代，熒光自動(dòng)測(cè)序技術(shù)將DNA測(cè)序帶入自動(dòng)化測(cè)序時(shí)代。目前，基因測(cè)序儀已發(fā)展到第三代，Illumina、Life technologies(ABI)等公司共同占據(jù)著全球基因測(cè)序儀市場(chǎng)。