實驗室籌建過程中，秦皇島海關技術中心與西北農林科技大學、華南農業大學、寧夏大學、云南香格里拉酒業有限公司、中糧華夏長城葡萄酒業有限公司等國內知名院校、生產企業簽訂戰略合作協議，與上海海關動植物與食品檢驗檢疫技術中心、寧波海關技術中心、廣東省食品質量安全重點實驗室、甘肅省葡萄與葡萄酒工程學重點實驗室等建立合作關系，進一步增強科研創新能力，促進葡萄酒質量安全“產學研檢”全方位協同創新。

目前，秦皇島海關技術中心已成為國內唯一一家同時建有“國家葡萄酒檢測重點實驗室（秦皇島）”“進出口酒類應急檢驗檢測實驗室”“國家級進出口食品質量安全風險驗證評價實驗室（酒類）”“河北省葡萄酒質量安全檢測重點實驗室”“秦皇島市葡萄酒檢測重點實驗室”等5個酒類專業實驗室的機構。