條件性基因敲除主要是通過染色體位點特異性重組酶系統Cre-LoxP和 FLP-frt來實現的。比如在待敲除的一段目標DNA序列的兩端各放置一個LoxP（或Frt）序列，得到flox（Flanked by loxP)小鼠。將flox小鼠與帶有細胞特異性表達的Cre(或Flp)的小鼠交配繁殖，以獲得在特定細胞里把目標基因敲除掉的小鼠，即條件性基因敲除小鼠。其應用可以使靶基因的表達或缺失發生在實驗動物發育的某一階段或某一特定的組織器官，從而使對小鼠基因組的修飾的范圍和時間處于一種可控狀態。此外，若與控制Cre或Flp表達的其他誘導系統相結合，還可以對某一基因同時實現時空兩方面的調控。