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INTEGRA自動化移液方案助力全球最大scRNA-seq數據集

   2026-02-26 801
核心提示:單細胞RNA測序(scRNA-seq)正在迅速成為藥物研發中的標準方法,在多個治療領域內逐漸取代傳統的混合RNA測序技術。總部位于加利
 

 

單細胞RNA測序(scRNA-seq)正在迅速成為藥物研發中的標準方法,在多個治療領域內逐漸取代傳統的混合RNA測序技術??偛课挥诩永D醽喼菖f金山的Tahoe Therapeutics正在使用scRNA-seq技術來生成全球最大的單細胞數據集。該公司將ASSIST PLUS移液工作站與Parse Biosciences的Evercode™技術相結合,以流暢推進其研究突破,提高可靠性,并將手工操作時長縮短高達75%。

藥物研發中的單細胞RNA測序
Tahoe Therapeutics(原Vevo Therapeutics)成立于2022年,其目標是利用單細胞RNA測序技術(scRNA-seq)構建全球最大的圖譜來描繪藥物如何與患者細胞相互作用。該公司已針對多種癌癥類型并行開展了數個項目,并且目前正在將研究擴展到更廣泛的治療領域,包括心血管、代謝以及神經退行性疾病等。

Tahoe Therapeutics之所以選擇這種方法,是因為 scRNA-seq能夠產出的數據量遠超傳統測序工作流程。公司聯合創始人兼首席科學官Johnny Yu解釋說:“scRNA-seq使我們得以深入了解不同細胞類型對藥物的不同反應,而常規的混合測序則很難揭示這些差異。我們使用高通量方法在單細胞水平上產生了大量數據。公司的首個數據集Tahoe 100 million是該領域有史以來規模最大的。實際上,它將過去十年累計生成的公開數據總量翻了一番。”

自動化優化工作流程
Tahoe Therapeutics利用復雜的生物模型系統開發了自己的生物檢測方法。近日,公司使用Parse Biosciences的Evercode試劑盒來進行單細胞RNA測序(scRNA-seq),以確保數據生成的可擴展性,從而為其藥物研發模型提供信息。該公司的目標是構建全球最大的scRNA-seq數據集,因此,實驗室自動化對其團隊而言至關重要。“我們很快便意識到,隨著生成的數據越來越多,不斷拓展該領域的邊界,我們也迫切地需要機器人和高通量的解決方案,”Johnny補充說。

基于INTEGRA與Parse Biosciences的合作,前者的解決方案自然成為了Tahoe Therapeutics滿足其自動化需求的首選,這些經過驗證的全流程方案覆蓋了scRNA-seq樣品制備每個階段。Johnny及其團隊使用ASSIST PLUS移液工作站配合8通道的VIAFLO手持式電動移液器實現了Evercode sc-RNA-seq工作流程的自動化。“ASSIST PLUS移液工作站的主要優勢之一是其靈活性。該系統專門為Parse Evercode單細胞工作流程內置了預設方案,同時我們也能快速編制不同的程序,以完成scRNA-seq樣品制備之外的各種任務。”Johnny解釋道:“這一點非常重要,因為像我們這樣的小型實驗室需要運行很多不同的流程。”對于一個技能組合多樣的小團隊而言,易于編程,能夠從容應對多種任務是至關重要的。“ASSIST PLUS與其他昂貴的自動化解決方案的重要區別之一在于,你不必是一位擁有多年系統經驗的自動化工程師,”Johnny說道。“我們的兩位方法開發人員沒有任何自動化背景,但他們卻能快速地將新方法推廣給團隊的其他成員。”

該團隊的工作流程需要基于精確的時間節點緊密協調,同時,活細胞的操作則必須快速而輕柔。INTEGRA自動化解決方案的速度配合Parse Biosciences的產品,能夠并行處理大批量的生物樣本。隨著Tahoe Therapeutics研究規模的擴大,其構建的數據集規模將超過Tahoe 100 million這一創紀錄集合的50倍,因此,這套系統的速度、準確性和可重復性將是至關重要的。“自動化大大提高了我們的數據生成通量,使工作流程中的單細胞制備效率提升了5倍以上,”Johnny解釋道。“最重要的是,它非常精確——你不必再受制于手動操作難以避免的差異性了。”
 

圖片由TAHOE提供
 
出色的客戶服務與技術支持
INTEGRA的自動化實驗室解決方案已成為公司運營的必備要素,因此,高水平的客戶服務與技術支持也變得非常重要。Tahoe Therapeutics團隊享受了全天候的快速響應服務,并且獲得了定制化的購買建議來幫助其簡化工作流程。“INTEGRA的服務和銷售是緊密結合的,我認為這樣非常有幫助,”Johnny解釋道。“我與我們的銷售代表相熟,有一次甚至在她飛行途中聯系過,我相信她會站在我們團隊一邊,找到解決當前問題的正確方案。我認為這種關系是INTEGRA與眾不同的原因之一。”

渾然一體的液體處理和二代測序平臺
INTEGRA自動化移液工作站與Parse Biosciences單細胞測序方案的結合,為Tahoe Therapeutics提供了一套協調統一的解決方案。ASSIST PLUS強大而直觀的編程與操作方式,加上INTEGRA出色的技術支持,使該公司得以不斷突破行業邊界,并且領先于使用老舊技術的競爭對手。“許多最新的生物制藥研究仍然基于混合RNA測序這種十年之前的方法,”Johnny說。“我們所使用的技術使我們能夠超越眾多的生物制藥公司,以更少的儀器、試劑和資金構建出更大的數據集。”
 
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